生态经济与管理协同创新中心以“安徽急需、国内一流”为总体目标，通过机制创新，进行跨学科、跨院校、跨领域和跨国界的协同创新，建成国家级“智库”和人才基地。协同创新中心的总体思路和目标可以概括：以体制机制改革为核心（一个核心）；服务国家生态经济与管理的重大需求，跻身生态经济与生态管理研究先进行列（两个目标）；全面提升生态经济与管理科研、学科建设、人才培养的创新能力（三个能力），完成五大任务。

协同创新中心五大任务是：①建成国内一流、有一定国际影响力的人才培养基地；②形成多元、和谐及充满活力的国际交流；③开展对国家和安徽省有重要贡献的科研活动；④形成独具特色的合芜蚌环境管理合作研究；⑤构建和发布中国环境评价指标体系。

协同创新中心还将开展七项工作：①开展环境经济与政策相关课程的共同开发，授课教师互聘、学生课程互选等人才培养工作；②开展相关学科和专业课程建设；③开展相关课题的合作研究；④开展相关国际学术交流与合作；⑤定期合作举办相关领域学术研讨会；⑥开展面向环保企业的咨询、人员培训和成果转化；⑦其他协同创新工作。

协同创新中心的主要特色有：①以“人才培养和学术提升”为基础；②以“实际问题”为研究导向；③以“服务社会”为发展模式；④以“安徽急需、国内一流”为总体发展目标。